学院以绿水青山就是金山银山和人与自然和谐共生为目标，以统筹山水林田湖草系统综合治理为理念，以生态环境领域一流学科群为基础，凝练主要科学研究方向，组建高层次科研队伍，搭建高水平系列性科研平台。围绕主要科研方向，学院精心组织和整合人员、学科、平台等方面的力量，全力推进基础理论、应用推广、政策决策、科技服务等方面的科学研究，将生态与水土保持学院的人才队伍、学科群、科学研究等方面建设和发展提供稳定的基石，力争尽早将学院建设成国内一流学院。主要学科方向：

岩溶石漠生态保护与恢复

土壤污染治理与生态修复

水土流失治理与流域保护

山地农村小流域水环境治理

湖泊流域污染治理与生态建设

森林生态系统保护与恢复

脆弱生态系统退化与修复

全球气候变化与碳库